L’église Notre-Dame de Marcenais, inscrite à l’Inventaire des Monuments Historiques, a probablement été érigée vers la fin du 12ème siècle (1170). Elle faisait alors partie d’une Commanderie principale qui semble avoir eu un certain rayonnement. Dans le sud-ouest de la France, la majorité des Commanderies étaient des établissements agricoles qui fournissaient à leur ordre de solides revenus, et assuraient aux pèlerins sur le chemin de St Jacques accueil et réconfort.
Les plus anciens documents retrouvés dans les archives de l’ordre de Malte (ref1) concernant Marcenais permettent de remonter à l’an 1232 où Guillaume Erra, chevalier de Bourg fit don du Moulin de Peyrat (aujourd’hui Moulin de CharlotLe moulin de Charlot attesté au XIIIè siècle se situe sur la Saye 
) avec d’autres biens à la Maison du Temple de Marcenais. L’autre archive remonte à 1250, date à laquelle Helies de la Villegorie (ou Villegouge, ou encore Villegoriges) fait don à son tour d’un autre moulin, le moulin Vieïlh (ou moulin de Wielh)(ref1) situé en amont sur la Saye à Vinet et dont ne subsistent aujourd’hui que quelques ruines.
En 1312, après la chute des Templiers, la Commanderie de Marcenais fut dévolue aux Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem. C’est probablement au XVIe siècle, dans le cadre de la Réforme initiée par le grand maître d’Aubusson, que la Commanderie de Marcenais fut rattachée avec une quinzaine d’autres établissements de plus ou moins grande importance, à la Maison du Temple de Bordeaux placé sous l’autorité de « l’honorable et discrète personne Messire frère Pierre de Ribo, chevalier ». La guerre de Cent ans y avait fait des ravages et les bâtiments érigés par les Hospitaliers ont semble-t-il été ruinés à l’exception de la chapelle qui garde a conservé presque intactes les traces de sa construction templière. Aucune information n’est actuellement disponible sur cette période troublée à l’exception des « Quartières de l’Archevêché de Bordeaux » qui indiquent qu’en 1459 l’église n’était pas « encore relevée de ses ruines »…
Les commanderies templières du Sud-Ouest de la France étaient principalement des établissements agricoles et se présentaient sous forme d’un quadrilatère incluant : la résidence du commandeur, le logis pour les frères avec les réfectoires, les granges, les écuries, les celliers,les ateliers, un étang pour l’élevage du poisson, l’incontournable jardin médiéval …, clôturé au sud par la chapelle, dédiée à Notre Dame.
A Marcenais aujourd’hui, seule la chapelle, devenue église paroissiale au début du XIXe siècle est encore visible. La disposition des bâtiments qui formaient la commanderie ne nous est connue qu’à travers quelques documents et indices. On retrouve notament dans des archives de 1626 la citation suivante : « on voyait encore le lieu où étaient les prisons dans le château », et dans celles de 1641 « auprès de l’église se trouvaient de vieilles murailles fortes et de bonnes pierres de taille et un petit jardin entre les murailles et l’église. Le jardin était tout entouré de fossés avec une petite fontaine à l’intérieur ».
Le 6 mai 1868, Léo Drouyn, accompagné de son ami Gabriel Trapaud de Colombes, visite la petite église de Marcenais. Les deux amis sont frappés par le fait que l’église n’offre aucune ouverture sur les côtés parce que «les habitations des religieux se trouvaient appuyées contre les flancs nord et sud… ». Mais c’est la mise en défense de l’église qui lui donne son allure particulière. Léo Drouyn écrit que « sur le sommet de l’angle nord-est et sur celui du contrefort du sud sont bâties des échauguettes qui paraissent plus modernes que l’église ». Il poursuit ainsi « sur la façade s’élève un clocher en arcade percé de deux baies… ». De ce clocher, qu’il considère également comme « relativement moderne », une seule cloche figure sur le croquis de Trapaud : c’est la petite cloche, refondue en 1877 quelques années après le passage de Léo, elle est prénommée Marie-Louise… La grosse cloche qui devait être en refonte à l’époque du dessin a rejoint depuis lors son logement !
Sources
(1) : Antoine du Bourg, Ordre de Malte : Histoire du grand prieuré de Toulouse et des diverses possessions de l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem dans le sud-ouest de la France…, Toulouse, L. Sistac et J. Boubée, , disponible [archive] sur Gallica